Q) 複数のドメインの解析をまとめる時に、気をつけることはありますか？

この機能は複数のドメインを、あたかも一つのドメインのように見せる機能です。そのため、個別のドメインのアクセス状況は、かえって見えにくくなってしまいます。
２つ例をあげてみます。

1. ドメイン同士の行き来やその効果が見えにくくなる
2. ドメインごとの検索キーワードや参照元がわからなくなる

もろろんまとめたことで、わかることもあります。
こちらも2つほど例をあげてみます。

1. 複数ドメインを合わせた重複のないユニークユーザー数がわかる
2. 複数ドメインを合わせた重複のない新規とリピーターがわかる

両者のメリットを比べると、多くのケースでは、独立したプロファイルで個別のドメインを管理した方が、アクセス解析としては有効です。特に、SEOやSEMを行っている場合は、ドメインごとに検索キーワードや入り口ページを見たほうが、よいでしょう。

では、「複数ドメインを合わせたコンバージョンがわかる」という点はどうでしょうか？
これは、確かによい面もあります。しかし、すべてのコンバージョンを漏れなく解析するための作業負荷は思いのほか大変です。

◆作業その１

AドメインとBドメインをまとめて計測したい、という場合、まず、Aドメイン、Bドメインすべてのページで、Google Analyticsのトラッキングコードを設定しなおす必要があります。以下のような指定をいれます。

<script type="text/javascript">
try{
var pageTracker = _gat._getTracker("UA-12345-1");
pageTracker._setDomainName("none");　　←　この部分
pageTracker._setAllowLinker(true);　　 ←　この部分
pageTracker._trackPageview();
} catch(err) {}
</script>

これは大変ですが、まあ、なんとかなります。

◆作業その2

画面に表示されるURL（例 index.html )を http://www.example.com/index.html のように、ドメインまで含んだ絶対パスで表示するフィルタを設定します。

設定の詳細は割愛しますが、このカスタムフィルタは、気をつけて導入する必要があります。
このフィルタを適用した後は、「目標」などで設定するURLも、常に絶対パスで記載する必要があります。これが意外に忘れがちで、コンバージョンがうまくとれないなどのトラブルが出てしまいます。

さらに次の作業が大変です。

◆作業その3

コンバージョンやセッション維持のためには「ドメイン間に張られたすべてのリンクに、タグを挿入する」という作業が必要です。ドメインをまたがる場合に、コンバージョン測定のもとになるクッキーが保持されるための設定です。

<a href="https://www.secondsite.com/?login=parameters" onclick="pageTracker._link(this.href); return false;">リンクをクリック</a>

AドメインとBドメインをまとめて計測したい、という場合、AドメインからBドメインへのリンクも、BドメインからAドメインからのリンクも、とにかくすべてのリンクにこれを入れる必要があるのです。
さらに、ドメインが多ければ、さらにチェックするリンクの数が増えます。
この作業は、実際にはなかなか完璧には実現できません。

結果的に、複数ドメインの定義は、多くの場合、不完全な状態になってしまいます。
もし、完璧にできたとしても、ドメイン間のトラフィックがかえってわかりにくくなって、やっぱり単一ドメインごとの分析に戻したというケースもあります。

最後に二つの留意点を付け加えておきます。

一つ目は、ショッピングサイトなどで決済のASPサービスを利用するケースです。この場合は、別ドメインをまとめようとする前に、ASP側の完了ページを、自社ドメインに戻せるか確かめてください。もし、自社ドメインに完了ページだけでも戻せれば、トラッキングコードを変えることなく、コンバージョンが測れるようになります。
最近のショッピング決済やフォームのASPサービスは、これができるものが増えているようです。

もう一つは、二段トラッキングコードです。
少し高度な手法で、Google Analyticsのトラッキングコードを二段にして張るケースです。
ドメインごとに独立した解析が行え、かつ、複数ドメインをまとめた解析が行えます。両方の要件を満たす方法です。
しかし、この方法も安易に導入すると、かえって混乱を生みますので、安易に使ってはいけません。また別途機会があれば、詳しく解説したいと思います。

いずれにしろ、「複数ドメインになっているのは内容やターゲットが別だから」という場合が普通です。そういったドメインの場合、多くの場合、独立したドメインのまま、解析を進めるのがベストです。